Prebiotikumnak az olyan anyagokat nevezzük, melyeket csak a segítő baktériumok tudnak hasznosítani. Ezek legtöbbször oligoszacharidok (néhány cukormolekula alkot egy rövid láncot), amelyeket sem az emlős szervezet nem tud enzimatikusan lebontani, de a kórokozó káros baktériumok sem, viszont a probiotikus törzsek fel tudják használni, így előnyhöz jutnak a tápanyagokért folyó versenyben.

Ez a verseny a születés után a legélesebb. A csecsemő születésekor a szájába került baktériumok (segítők és paotogének vegyesen) egyszerre indulnak, hogy benépesítsék az újszülött tápcsatornáját. A hasznos baktériumok egyebek közt azért kerülnek túlnyomó többségbe, mert az anyatej tartalmaz oligoszacharidokat. Növényekben is megtalálhatók hasonló rövid láncú cukormolekulák a gyümölcsökben (fructo-oligoszacharidok), illetve zöldségekben (hagymafélék, gumós növények). Az egyik legtöbbet kutatott anyag a cikóriában található inulin.

A probiotikus készítmények némelyike tartalmaz prebiotikumot is. Ez útravalóként elősegíti az élő hasznos baktériumok szaporodását. A prebiotikumot is tartalmazó probiotikus készítményt szinbiotikumnak is nevezik.

Önmagában a probiotikum szedése hasznos. A prebiotikum (például az inulin) szedése önmagában szintén jótékony hatású a bélrendszerre, elsősorban a bifidobaktériumok száma nő meg, azonban a szimbiotikumok előnyös élettani hatása kifejezettebb. Bővebben információ erről „A probiotikumok és prebiotikumok együttesen javítják az ulceratív colitisben szenvedő betegek életminőségét” című cikkünkben.